Presentations
◉ = invited
2025
Theoretical basis for cell deaths
Yusuke Himeoka, 1st India-Japan Workshop on Physical Aspects of Living Systems, Feb. 19-21, Tokyo, Oral◉ 代謝動力学モデルを用いた生死境界の定量
姫岡優介, 第7回ExCELLSシンポジウム, Jan 30-31, 愛知, Oral◉ 「細胞死」の理論
姫岡優介, 駒場物性セミナー, Jan. 24, 東京, Oral
2024
◉ A theoretical basis for cell deaths
Yusuke Himeoka, Kyoto University Statistical Physics - Dynamics Group Seminar, Dec. 3, Kyoto, Oral◉ Emergence of dormancy and death from kinetic models of E.coli metabolism
姫岡優介, 日本分子生物学会 第47回年会 シンポジウム『お休み生物学: 立ち止まる生物の謎に迫る』, Nov. 27th-29th, 福岡, Oral◉ A theoretical basis for cell deaths
Yusuke Himeoka, IPB Seminar, Nov. 22, Tokyo, Oral◉ 大腸菌代謝動力学モデルの安定性と死
姫岡優介,微生物生態学会シンポジウム. 28th-30th, 広島, Oral◉ 微生物細胞代謝ダイナミクスの応答性・制御可能性と細胞死
姫岡優介, 第18回メタボロームシンポジウム, Oct. 23th-25th, 山形, Oral◉ Stability and death of in silico Escherichia coli metabolism
Yusuke Himeoka, The workshop on Goal-Directed Behaviours, Oct 16th-18th, Bilbao, Spain, Oral「細胞死」の理論
姫岡優介, 堀口修平, 小林徹也, 日本物理学会第79回年会, Sep. 16th-19th, 北海道, Oral◉ 大腸菌代謝動力学モデルの安定性と死
姫岡優介, 2024年度数理生物学会年会 シンポジウム『多階層な細胞システムの変容の理解』, Sep. 11th-13th, 北海道, Oral◉「細胞死」の理論
姫岡優介, 第64回生物物理若手の会夏の学校 分科会, Aug. 26th-29th, 北海道, Oral◉ 酵素量による細胞状態制御と細胞死
日本生物物理学会サブグループ 人工細胞モデル&分子ロボティクス 研究会 (オンライン), July. 12th, OralPopulation dynamics of generalist/specialist strategies in the feast-famine cycle
Rintaro Niimi, Chikara Furusawa, and Yusuke Himeoka, 21st International Union for Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan, Kyoto, Jun. 24th-28th, PosterAppearance and adaptive properties of bow-tie structures from simple metabolic networks
Yudai Iyoda, Chikara Furusawa, and Yusuke Himeoka, 21st International Union for Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan, Kyoto, Jun. 24th-28th, PosterEstimation of biochemical reaction parameters using a mathematical model of the cell-free translation system
Shunnosuke Ban, Yusuke Himeoka, Tomoaki Matsuura, Yoshihiro Shimizu, Chikara Furusawa, 21st International Union for Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan, Kyoto, Jun. 24th-28th, PosterStability and death of in silico Escherichia coli metabolism
Yusuke Himeoka and Chikara Furusawa, 21st International Union for Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan, Kyoto, Jun. 24th-28th, Oral◉ 酵素量による細胞状態制御と細胞死
姫岡優介, 制御理論と生物学の境界, 東京大学, Jun. 12-13th, OralQuantification of the point of no return of an in silico Escherichia coli metabolism
Yusuke Himeoka, GSB SYMPOSIUM OF MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY 2024, National Taiwan University, Taiwan, May 27th-28th, OralAppearance and adaptive properties of bow-tie structures from simple metabolic networks
Yudai Iyoda, Chikara Furusawa, Yusuke Himeoka, GSB SYMPOSIUM OF MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY 2024, National Taiwan University, Taiwan, May 27th-28th, Poster◉ 大腸菌代謝数理モデルの生死境界
姫岡優介, 第一回微生物代謝研究会, 田辺エンプラス, May 11th, Oralin silico細胞死
姫岡優介, 非平衡系の物理, 京都大学, Mar. 25th-26th, Oral◉ in silico 大腸菌代謝モデルの安定性と死
姫岡優介, 生物の基礎探究会, 東京大学, Mar. 18th-19th, Oral◉ Stability and death of in silico Escherichia coli metabolism
Yusuke Himeoka, Academia Sinica Institute of Physics Seminar, Academia Sinica, Taiwan, Mar. 12th, OralQuanticsテンソルトレインを用いた反応速度論の非線形常微分方程式の解法
櫻井理人, 水上渉, 水野雄太, 姫岡優介, 品岡寛, 日本物理学会 2024年春季大会, オンライン, OralSolving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train
Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka, APS March Meeting 2024, Minneapolis, Mar. 7th, Oral◉ Perturbation-response analysis and death of in silico Escherichia coli metabolism
Yusuke Himeoka, Mochizuki lab. seminar, Kyoto Univ, Jan. 26th, Oral◉ 細菌の休眠状態と代謝ダイナミクスの安定性
姫岡優介, 多細胞休止を研究する会, 那覇市ぶんかテンプス館, Jan. 16th, Oral◉ 大腸菌代謝動力学モデルの摂動応答性とモデル細胞死
姫岡優介, 情報科学院セミナー, 北海道大学, Jan. 9th, OralTerraced NK model における 遺伝子型の変異自由度と進化速度の関係
池田雄太郎, 姫岡優介, 古澤力, 第11回定量生物学の会年会, 東京大学, Jan. 6-7th, Poster◉ 大腸菌代謝動力学モデルの恒常性と死
姫岡優介, 第11回定量生物学の会年会, 東京大学, Jan. 7th, Oral
2023
◉ Perturbation-response analysis of in silico metabolic dynamics: Hard-coded responsiveness in the cofactor and network sparsity
Yusuke Himeoka, Asia Synthetic Biology Association meeting 2023, Dec. 14th, Oral & Poster◉ 大腸菌代謝動力学モデルの摂動応答性
姫岡優介, iBLab ネオMEセミナー, 名古屋大学, Dec. 11th, Oral代謝ホメオスタシスの擾乱とネットワークの構造の関係
姫岡優介, 古澤力, 第46回日本分子生物学会年会, Dec. 8th, PosterDisruption of metabolic homeostasis: Responsiveness due to the cofactor dynamics and network sparsity
姫岡優介, 古澤力, 日本生物物理学会第61回年会, 名古屋, Nov. 15th, Poster◉ A theoretical study of Cell Death using a kinetic model of E.coli metabolism
Yusuke Himeoka, Noma Lab. Seminar, Nagoya Univ., Nov. 13th, OralSolving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train
Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka, Computational Approaches to Quantum Many-Body Systems, Oct. 19th, PosterSolving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train
Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka, Trends in the Theory of Quantum Materials 2023, Oct. 16th, Poster代謝反応ダイナミクスの摂動–応答関係とネットワーク構造
姫岡優介, 古澤力, 研究会「理論と実験」, 広島大学, Oct. 6th, Oral代謝ネットワークの構造と摂動への応答性の関係
姫岡優介, 古澤力, 「細胞を創る」研究会16.0, 東京大学, Sep. 26th, Oral代謝ネットワークの構造と摂動への応答性の関係
姫岡優介, 古澤力, 「細胞を創る」研究会16.0, 東京大学, Sep. 25th, PosterPURE 実験に基づいたePURE パラメータの調整
坂駿之介, 姫岡優介, 松浦友亮, 清水義宏, 古澤力, 学変A「超越分子システム」 領域会議, 高野山大学, Sep. 21st, Poster細胞内分画で分業する反応ネットワークの構造
一井俊介,姫岡優介,古澤力, 学変A「超越分子システム」 領域会議, 高野山大学, Sep. 21st, Poster代謝系は摂動に対してどう応答するか
姫岡優介, 学変A「超越分子システム」 領域会議, 高野山大学, Sep. 21st, Oral◉ Updating parameters of in silico PURE system model (ePURE) based on experimental observations
Shunnosuke Ban, Yusuke Himeoka, Tomoaki Matsuura, Yoshihiro Shimizu, Chikara Furusawa, Korea-Japan Joint Workshop of Bottom-up Synthetic Biology, Tokyo, Sep. 6th, OralExploring Host-Parasite Networks of Replicating RNA through Computational Simulations
西田慧,姫岡優介,古澤力, 日本進化学会第25回大会, 沖縄, Sep. 1st, Poster◉ 増殖している細胞のマクロ現象論とその破れ
姫岡優介, 第68回物性若手夏の学校 集中ゼミ, オンライン(滋賀), Aug. 15th Oral◉ 増殖している細胞のマクロ現象論
姫岡優介, 第3回数理生物夏の学校 講義, 神奈川, Aug. 25th OralDisruption of homeostasis and death in kinetic models of Escherichia coli metabolism
Yusuke Himeoka and Chikara Furusawa, STATPHYS28, Aug. 8th, Poster◉ Disruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure
Yusuke Himeoka, STATPHYS28 Satellite Meeting: Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Aug. 4th, OralEmergence of Complex Host-Parasite networks of replicating RNA molecules: A Computational Analysis
Kei Nishida, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa, Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Aug. 4th, PosterStructure of catalytic reaction network for specialized compartments evolution
Shunsuke Ichii, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa, Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Aug. 4th, Poster◉ ミクロとマクロからみる生物のネットワーク
姫岡優介, 東京大学大学院工学系研究科技術経営戦略学専攻 計算社会科学 ゲスト講師, Jul. 4thSimulating fast and slow chemical kinetics with dynamic mode decomposition
Yuta Mizuno, Yosuke Sumiya, Yusuke Himeoka, 38th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics, May 31st, OralRich dynamics in somewhat “realistic” biochemical models
Yusuke Himeoka, Niels Bohr Institute CMoL seminar, Denmark, Jun. 28th, OralDisruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure
Yusuke Himeoka, U. Gerland group seminar, May 17th, Germany, OralDisruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure
Yusuke Himeoka, U. Sauer group seminar, May 2nd, Switzerland, Oral大腸菌代謝動力学モデルにおける恒常性の崩壊と死
姫岡優介, 代謝情報工学ラボセミナー, 大阪大学, Mar. 14th, Oral大腸菌代謝動力学モデルにおける恒常性の崩壊と死
姫岡優介, 理論生物学研究室セミナー(藤本仰一 研), 大阪大学, Mar. 13th, Oral◉ ネットワークの構造と代謝状態の恒常性
姫岡優介, 日本生物物理学会サブグループ 人工細胞モデル&分子ロボティクス 第4回研究会 (オンライン), Jan. 25th, Oral
2022
細胞分化の階層性と不可逆性に関する理論
中村能之, 姫岡優介, 古澤力, 定量生物学の会 第十回年会, Dec. 15th, 16thホスト・パラサイト分子複製ネットワークのダーウィン進化による複雑化
西田慧, 姫岡優介, 古澤力, 定量生物学の会 第十回年会, Dec. 15th, 16th細胞内部の空間構造による反応の最適制御の変化
一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, 定量生物学の会 第十回年会, Dec. 15th, 16th◉ Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
Yusuke Himeoka, Online Oral, RIKEN iTHEMS Seminar, Nov. 17th大腸菌代謝モデルを用いた休眠状態への遷移ダイナミクスの研究
姫岡優介, 口頭, 第2回深津ERATOプロジェクト全体会議, Nov. 1st-4th, 琉球大学熱帯生物圏研究センター 瀬底研究施設細胞内部の空間構造による代謝機能の分業の進化
一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, ポスター, 第2回深津ERATOプロジェクト全体会議, Nov. 1st-4th, 琉球大学熱帯生物圏研究センター 瀬底研究施設Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
Yusuke Himeoka, Online Poster, Roles of Heterogeneity in Nonequilibrium Collective Dynamics 2022 (RHINO2022), Sep. 16th–17th, Univ. TokyoDisruption of metabolic homeostasis : Sensitivity due to the network structure (video)
Yusuke Himeoka, Oral, Quantitative Biology of Non-growing Microbes, Oct. 18th-28th, Kavli Institute for Theoretical Physics, UCSB, United States◉ 大腸菌中心代謝ネットワークから生じる休眠状態様のダイナミクス
姫岡優介, 口頭, 理論合成インシリコ生物学セミナー, Oct. 7th, 筑波大学 生存ダイナミクス研究センター化学反応動力学理論を用いた頑健な反応経路設計アルゴリズムの開発
姫岡優介, 学術変革領域研究(A) 「超越分子システム」領域 第2回領域会議, Sep. 25th-27th, 北海道代謝ネットワークの構造と緩和ダイナミクスの定性的特徴
姫岡優介, 古澤力, 口頭, 日本物理学会2022秋季大会, Sep. 12th-15th, 東京工業大学Bow-tie型代謝ネットワークの出現条件
伊與田裕大, 古澤力, 姫岡優介, 口頭, 日本物理学会2022秋季大会, Sep. 12th-15th, 東京工業大学◉ 細胞の休眠ダイナミクスと代謝ネットワーク構造
姫岡優介, ネットワーク科学研究会2022, Aug. 23rd-25th, 同志社大学Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Oral, Major ideas in quantitative microbial physiology: Past, Present and Future, 13th-15th June, Copenhagen, DenmarkEvolution of hierarchy and irreversibility in theoretical cellular differentiation model
Yoshiyuki Nakamura, Yusuke Himeoka, Nen Saito, Chikara Furusawa, Poster, Euro Evo Devo Naples, May 31st – June 3rd, Naples, Italy◉ Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
Yusuke Himeoka, 佐々グループ セミナー, May 9th, 京都大学人工的な代謝ネットワークの緩和特性とネットワーク構造
姫岡優介, 御手洗菜美子, Julius Bier Kirkegaard, Sandeep Krishna, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th細胞分化の階層性と不可逆性:状態空間におけるアトラクターの分布との対応
中村能之, 姫岡優介, 斉藤稔, 古澤力, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th代謝ネットワークの構造によるジェネラリスト・スペシャリスト戦略の出現
新美倫太郎,古澤力,姫岡優介, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th空間分割された細胞モデルにおける触媒反応ネットワークの分業の進化
一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th
2021
大腸菌代謝動力学における緩和軌道の多様性
姫岡優介, 御手洗菜美子, 日本物理学会 2021年秋季大会, 2021年9月遺伝子制御ネットワークと細胞分化の遷移ルールの対応
中村能之, 姫岡優介, 斉藤稔, 古澤力, 日本物理学会 2021年秋季大会, 2021 年 9 月細胞モデルにおける内部構造の自発形成と成長速度の増大
一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, 日本物理学会 2021年秋季大会, 2021年 9月
2020
When to wake up? The optimal waking-up strategies for starvation-induced persistence
Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Poster, Discussion Meeting on Conflict and Cooperation in Cellular Populations (CCCP 2020),
3rd-5th February, Bangalore, India
2019
Degradation of ribosomal RNA during long-term carbon starvation and phosphorus starvation
Yusuke Himeoka, Bertil Gummesson, Michael A. Sørensen, Sine Lo Svenningsen, and Namiko Mitarai, UBI Seminar, Oct. 17th October, University of TokyoSimulating the evolution of bacterial metabolic networks
Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Oral Presentation, School on Computational Mathematical Modeling, Mar. 28th, Geilo, NorwayDynamics of bacterial populations under the feast-famine cycles
Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Oral Presentation, the 74th Annual Meeting of Japanese Physical Society, Kyushu University, Mar. 17th, Fukuoka, Japan
2018
Theory for Transitions Between Exponential and Stationary Phases: Universal Laws for Lag Time
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral, EMBO Workshop on Optimizations and trade-off in cell growth and survival, Weizmann Institute of Science, 27th February, Rehovot, Israel
2017
Theory for Transitions Between Exponential and Stationary Phases: Universal Laws for Lag Time
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Seminar, Nieals Bohr Institute, November, Copenhagen, DenmarkTheory for Transitions Between Exponential and Stationary Phases: Universal Laws for Lag Time
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster, EMBO Conference Quantitative Principles in Biology, EMBL Heidelberg, November, Heibelberg, GermanyA model for cells in Lag and Stationary Phase
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral, The 55th annual Meeting of The Biophysical Society of Japan, Kumamoto University, September, Kumamoto, JapanA model for cells in Lag and Stationary Phase
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral, The joint symposium of CREST·PRESTO·QBiC in 2017, "Molecular mechanisms and mathematics of dynamics of living things", RIKEN QBiC, March, Osaka, Japan
2016
Transitions among Log, Dormant, and Death Phases: Proposition of a simple model and quantitative characterization of dormancy and lag time
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Flush Talk, Quantitative Laws 2 -From Physiology to Ecology-, June, Como ItalyA model for cells in Lag and Stationary Phase
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral Presentation, From physics universality to biological universality, Tokyo University, August, Tokyo, JapanLag,Stationary Phaseの細胞モデル
姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会2016年秋季大会, 金沢大学, 9月, 石川Pirt方程式成立条件の探索
姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会第71回年次大会, 東北学院大学, 3月, 東京
2015
The Growth/Death transition in self-replicating polymer system
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Winter School on Quantitative Systems Biology 2015, ICTS, December, Bangalore, IndiaThe Growth/Death transition in self-replicating polymer system
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster presentation, Bacterial Expressions II, NCBS, December, Bangalore, India代謝の切り替えが収率に与える影響
姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会2015年秋大会, 大阪大学, 9月, 東京簡単な細胞モデルを用いたPirt方程式の導出
姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本生物物理学会第53回年次大会, 金沢大学, 9月, 石川Derivation of the Pirt equation in the simple cell model
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster presentation,High-Dimensional data for the design principles of life, RIKEN QBiC, August, Osaka, Japan振動する酵素による代謝の効率
姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会第70回年次大会, 早稲田大学, 3月, 東京
2014
触媒反応系における最適成長速度
姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会2014年秋大会, 中部大学, 9月, 愛知触媒反応系における最適成長速度
セミナー, 大阪大学, 4月, 大阪Optimal uptake rate of nutrient for the thermodynamically efficient cellular growth
Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster presentation,The second annual winter q-bio meeting Hawaii, February, Hawaii
2013
自己触媒反応系におけるRobustnessとRedundancy
ポスター, 口頭, 第58回物性若手夏の学校, 8月, 滋賀