Presentations

2023

• ◉ Perturbation-response analysis of 
in silico metabolic dynamics: 
Hard-coded responsiveness in the cofactor and network sparsity
  Yusuke Himeoka, Asia Synthetic Biology Association meeting 2023, Dec. 14th, Oral & Poster

• ◉ 大腸菌代謝動力学モデルの摂動応答性
  姫岡優介, iBLab ネオMEセミナー, 名古屋大学, Dec. 11th, Oral

• 代謝ホメオスタシスの擾乱とネットワークの構造の関係
  姫岡優介, 古澤力, 第46回日本分子生物学会年会, Dec. 8th, Poster

• Disruption of metabolic homeostasis: 
Responsiveness due to the cofactor dynamics and network sparsity
  姫岡優介, 古澤力, 日本生物物理学会第61回年会, 名古屋, Nov. 15th, Poster

• ◉ A theoretical study of 
Cell Death
using a kinetic model of E.coli metabolism
  Yusuke Himeoka, Noma Lab. Seminar, Nagoya Univ., Nov. 13th, Oral

• Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka, Computational Approaches to Quantum Many-Body Systems, Oct. 19th, Poster

• Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka, Trends in the Theory of Quantum Materials 2023, Oct. 16th, Poster

• 代謝反応ダイナミクスの摂動–応答関係とネットワーク構造
  姫岡優介, 古澤力, 研究会「理論と実験」, 広島大学, Oct. 6th, Oral

• 代謝ネットワークの構造と摂動への応答性の関係
  姫岡優介, 古澤力, 「細胞を創る」研究会16.0, 東京大学, Sep. 26th, Oral

• 代謝ネットワークの構造と摂動への応答性の関係
  姫岡優介, 古澤力, 「細胞を創る」研究会16.0, 東京大学, Sep. 25th, Poster

• PURE 実験に基づいたePURE パラメータの調整
  坂駿之介,  姫岡優介,  松浦友亮,  清水義宏,  古澤力, 学変A「超越分子システム」 領域会議, 高野山大学, Sep. 21st, Poster

• 細胞内分画で分業する反応ネットワークの構造
  一井俊介,姫岡優介,古澤力, 学変A「超越分子システム」 領域会議, 高野山大学, Sep. 21st, Poster

• 代謝系は摂動に対してどう応答するか
  姫岡優介, 学変A「超越分子システム」 領域会議, 高野山大学, Sep. 21st, Oral

• ◉ Updating parameters of in silico PURE system model (ePURE) based on experimental observations
  Shunnosuke Ban, Yusuke Himeoka, Tomoaki Matsuura, Yoshihiro Shimizu, Chikara Furusawa, Korea-Japan Joint Workshop of Bottom-up Synthetic Biology, Tokyo, Sep. 6th, Oral

• Exploring Host-Parasite Networks of Replicating RNA through Computational Simulations
  西田慧,姫岡優介,古澤力, 日本進化学会第25回大会, 沖縄, Sep. 1st, Poster

• ◉ 増殖している細胞のマクロ現象論とその破れ
  姫岡優介, 第68回物性若手夏の学校 集中ゼミ, オンライン（滋賀）, Aug. 15th Oral

• ◉ 増殖している細胞のマクロ現象論
  姫岡優介, 第3回数理生物夏の学校 講義, 神奈川, Aug. 25th Oral

• Disruption of homeostasis and death in kinetic models of Escherichia coli metabolism
  Yusuke Himeoka and Chikara Furusawa, STATPHYS28, Aug. 8th, Poster

• ◉ Disruption of metabolic homeostasis: 
Sensitivity due to the network structure
  Yusuke Himeoka, STATPHYS28 Satellite Meeting: Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Aug. 4th, Oral

• Emergence of Complex Host-Parasite networks of replicating RNA molecules: A Computational Analysis
  Kei Nishida, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa, Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Aug. 4th, Poster

• Structure of catalytic reaction network for specialized compartments evolution
  Shunsuke Ichii, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa, Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Aug. 4th, Poster

• ◉ ミクロとマクロからみる生物のネットワーク
  姫岡優介, 東京大学大学院工学系研究科技術経営戦略学専攻　計算社会科学　ゲスト講師, Jul. 4th

• Simulating fast and slow chemical kinetics with dynamic mode decomposition
  Yuta Mizuno, Yosuke Sumiya, Yusuke Himeoka, 38th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics, May 31st, Oral

• Rich dynamics in somewhat “realistic” biochemical models
  Yusuke Himeoka, Niels Bohr Institute CMoL seminar, Denmark, Jun. 28th, Oral

• Disruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure
  Yusuke Himeoka, U. Gerland group seminar, May 17th, Germany, Oral

• Disruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure
  Yusuke Himeoka, U. Sauer group seminar, May 2nd, Switzerland, Oral

• 大腸菌代謝動力学モデルにおける恒常性の崩壊と死
  姫岡優介, 代謝情報工学ラボセミナー, 大阪大学, Mar. 14th, Oral

• 大腸菌代謝動力学モデルにおける恒常性の崩壊と死
  姫岡優介, 理論生物学研究室セミナー（藤本仰一 研）, 大阪大学, Mar. 13th, Oral

• ◉ ネットワークの構造と代謝状態の恒常性
  姫岡優介, 日本生物物理学会サブグループ 人工細胞モデル＆分子ロボティクス 第4回研究会 (オンライン),  Jan. 25th, Oral

2022

• 細胞分化の階層性と不可逆性に関する理論
  中村能之, 姫岡優介, 古澤力, 定量生物学の会 第十回年会, Dec. 15th, 16th

• ホスト・パラサイト分子複製ネットワークのダーウィン進化による複雑化
  西田慧, 姫岡優介, 古澤力, 定量生物学の会 第十回年会, Dec. 15th, 16th

• 細胞内部の空間構造による反応の最適制御の変化
  一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, 定量生物学の会 第十回年会, Dec. 15th, 16th

• ◉ Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
  Yusuke Himeoka, Online Oral, RIKEN iTHEMS Seminar, Nov. 17th 

• 大腸菌代謝モデルを用いた休眠状態への遷移ダイナミクスの研究
  姫岡優介, 口頭, 第2回深津ERATOプロジェクト全体会議, Nov. 1st-4th, 琉球大学熱帯生物圏研究センター 瀬底研究施設

• 細胞内部の空間構造による代謝機能の分業の進化
  一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, ポスター, 第2回深津ERATOプロジェクト全体会議, Nov. 1st-4th, 琉球大学熱帯生物圏研究センター 瀬底研究施設

• Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
  Yusuke Himeoka, Online Poster, Roles of Heterogeneity in Nonequilibrium Collective Dynamics 2022 (RHINO2022), Sep. 16th–17th, Univ. Tokyo

• Disruption of metabolic homeostasis : Sensitivity due to the network structure (video)
  Yusuke Himeoka, Oral, Quantitative Biology of Non-growing Microbes, Oct. 18th-28th, Kavli Institute for Theoretical Physics, UCSB, United States

• ◉ 大腸菌中心代謝ネットワークから生じる休眠状態様のダイナミクス
  姫岡優介, 口頭, 理論合成インシリコ生物学セミナー, Oct. 7th, 筑波大学 生存ダイナミクス研究センター

• 化学反応動力学理論を用いた頑健な反応経路設計アルゴリズムの開発
  姫岡優介, 学術変革領域研究(A) 「超越分子システム」領域 第2回領域会議, Sep. 25th-27th, 北海道

• 代謝ネットワークの構造と緩和ダイナミクスの定性的特徴
  姫岡優介, 古澤力, 口頭, 日本物理学会2022秋季大会, Sep. 12th-15th, 東京工業大学

• Bow-tie型代謝ネットワークの出現条件
  伊與田裕大, 古澤力, 姫岡優介, 口頭, 日本物理学会2022秋季大会, Sep. 12th-15th, 東京工業大学

• ◉ 細胞の休眠ダイナミクスと代謝ネットワーク構造
  姫岡優介, ネットワーク科学研究会2022, Aug. 23rd-25th, 同志社大学

• Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
  Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Oral, Major ideas in quantitative microbial physiology: Past, Present and Future, 13th-15th June, Copenhagen, Denmark

• Evolution of hierarchy and irreversibility in theoretical cellular differentiation model
  Yoshiyuki Nakamura, Yusuke Himeoka, Nen Saito, Chikara Furusawa, Poster, Euro Evo Devo Naples, May 31st – June 3rd, Naples, Italy

• ◉ Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
  Yusuke Himeoka, 佐々グループ セミナー, May 9th, 京都大学

• 人工的な代謝ネットワークの緩和特性とネットワーク構造
  姫岡優介, 御手洗菜美子, Julius Bier Kirkegaard, Sandeep Krishna, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th

• 細胞分化の階層性と不可逆性:状態空間におけるアトラクターの分布との対応
  中村能之, 姫岡優介, 斉藤稔, 古澤力, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th

• 代謝ネットワークの構造によるジェネラリスト・スペシャリスト戦略の出現
  新美倫太郎,古澤力,姫岡優介, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th

• 空間分割された細胞モデルにおける触媒反応ネットワークの分業の進化
  一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, 日本物理学会第 77 回年次大会, Mar. 13th-15th

2021

• 大腸菌代謝動力学における緩和軌道の多様性
  姫岡優介, 御手洗菜美子, 日本物理学会 2021年秋季大会, 2021年9月

• 遺伝子制御ネットワークと細胞分化の遷移ルールの対応
  中村能之, 姫岡優介, 斉藤稔, 古澤力, 日本物理学会 2021年秋季大会, 2021 年 9 月

• 細胞モデルにおける内部構造の自発形成と成長速度の増大
  一井俊介, 姫岡優介, 古澤力, 日本物理学会 2021年秋季大会, 2021年 9月

2020

• When to wake up? The optimal waking-up strategies for starvation-induced persistence
  Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Poster, Discussion Meeting on Conflict and Cooperation in Cellular Populations (CCCP 2020),
  3rd-5th February, Bangalore, India

2019

• Degradation of ribosomal RNA during long-term carbon starvation and phosphorus starvation
  Yusuke Himeoka, Bertil Gummesson, Michael A. Sørensen, Sine Lo Svenningsen, and Namiko Mitarai, UBI Seminar, Oct. 17th October, University of Tokyo

• Simulating the evolution of bacterial metabolic networks
  Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Oral Presentation, School on Computational Mathematical Modeling, Mar. 28th, Geilo, Norway

• Dynamics of bacterial populations under the feast-famine cycles
  Yusuke Himeoka and Namiko Mitarai, Oral Presentation, the 74th Annual Meeting of Japanese Physical Society, Kyushu University, Mar. 17th, Fukuoka, Japan

2018

• Theory for Transitions Between Exponential and Stationary Phases: Universal Laws for Lag Time
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral, EMBO Workshop on Optimizations and trade-off in cell growth and survival, Weizmann Institute of Science, 27th February, Rehovot, Israel

2017

• Theory for Transitions Between Exponential and Stationary Phases: Universal Laws for Lag Time
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Seminar, Nieals Bohr Institute, November, Copenhagen, Denmark

• Theory for Transitions Between Exponential and Stationary Phases: Universal Laws for Lag Time
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster, EMBO Conference Quantitative Principles in Biology, EMBL Heidelberg, November, Heibelberg, Germany

• A model for cells in Lag and Stationary Phase
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral, The 55th annual Meeting of The Biophysical Society of Japan, Kumamoto University, September, Kumamoto, Japan

• A model for cells in Lag and Stationary Phase
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral, The joint symposium of CREST·PRESTO·QBiC in 2017, "Molecular mechanisms and mathematics of dynamics of living things", RIKEN QBiC, March, Osaka, Japan

2016

• Transitions among Log, Dormant, and Death Phases: Proposition of a simple model and quantitative characterization of dormancy and lag time
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Flush Talk, Quantitative Laws 2 -From Physiology to Ecology-, June, Como Italy

• A model for cells in Lag and Stationary Phase
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Oral Presentation, From physics universality to biological universality, Tokyo University, August, Tokyo, Japan

• Lag,Stationary Phaseの細胞モデル
  姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会2016年秋季大会, 金沢大学, 9月, 石川

• Pirt方程式成立条件の探索
  姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会第71回年次大会, 東北学院大学, 3月, 東京

2015

• The Growth/Death transition in self-replicating polymer system
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Winter School on Quantitative Systems Biology 2015, ICTS, December, Bangalore, India

• The Growth/Death transition in self-replicating polymer system
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster presentation, Bacterial Expressions II, NCBS, December, Bangalore, India

• 代謝の切り替えが収率に与える影響
  姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会2015年秋大会, 大阪大学, 9月, 東京

• 簡単な細胞モデルを用いたPirt方程式の導出
  姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本生物物理学会第53回年次大会, 金沢大学, 9月, 石川

• Derivation of the Pirt equation in the simple cell model
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster presentation,High-Dimensional data for the design principles of life, RIKEN QBiC, August, Osaka, Japan

• 振動する酵素による代謝の効率
  姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会第70回年次大会, 早稲田大学, 3月, 東京

2014

• 触媒反応系における最適成長速度
  姫岡優介,金子邦彦, 口頭, 日本物理学会2014年秋大会, 中部大学, 9月, 愛知

• 触媒反応系における最適成長速度
  セミナー, 大阪大学, 4月, 大阪

• Optimal uptake rate of nutrient for the thermodynamically efficient cellular growth
  Yusuke Himeoka and Kunihiko Kaneko, Poster presentation,The second annual winter q-bio meeting Hawaii, February, Hawaii

2013

• 自己触媒反応系におけるRobustnessとRedundancy
  ポスター, 口頭, 第58回物性若手夏の学校, 8月, 滋賀